La Iglesia Cristiana Maranata es dirigida, en el ámbito nacional, por una Comisión Ejecutiva Nacional, constituida de alrededor de 16 pastores, que toman decisiones en la presencia del Señor. Administrativamente, la Iglesia se divide en Regiones, cada Región en Áreas y cada Área en Polos. En cada Región, Área y Polo hay una Comisión dirigida por un pastor Coordinador o Supervisor, que cumple las decisiones de la Comisión Ejecutiva Nacional y que toma decisiones en su lugar de competencia.

En todas las reuniones en el ámbito de Comisión Ejecutiva, Regional, Área y Polo, el Señor tiene la posibilidad de manifestarse. Más que eso, los pastores esperan el consejo del Señor para tomar cualquier tipo de decisión que consideren relevante. Ese es el secreto de la prosperidad de la Iglesia. Todos los pastores son unánimes en afirmar que las mejores decisiones son siempre aquellas que se toman basándose en algún consejo del Señor.