Die Christliche Gemeinde Maranatha wird auf nationaler Ebene (Brasilien) von einem Vorstandsausschuss geleitet, das aus etwa 16 Pastoren besteht, die Entscheidungen in der Gegenwart des HERRN treffen. Administrativ ist die Gemeinde in Regionen, Gebiete und Zonen unterteilt. Jedes Region verfügt über regionale Älteste, die von einem Koordinator geleitet und von einer Gruppe erfahrenerer Pastoren gebildet wird. Jedes Region besteht aus einer Gruppe von Gebieten. Jedes Gebiet besteht aus einer Gruppe an Zonen. Jeder Bereich hat einen Leiter, der sich mit den erfahrensten Pastoren seines Gebiets trifft, um Entscheidungen für seinen Tätigkeitsbereich zu treffen. Jede Zone setzt sich aus allen Pastoren der Zone zusammen.

Bei jedem Treffen des Vorstandsausschusses oder der Regionen, der Gebiete und der Zonen hat der HERR die Gelegenheit, sich zu offenbaren. Mehr als das – die Pastoren warten auf den Rat des HERRN, um irgendeine Art von Entscheidung zu treffen, die sie für relevant halten. Das ist das Geheimnis für das Gedeihen der Gemeinde. Alle Pastoren sind sich einig, dass die besten Entscheidungen immer diejenigen sind, die auf dem Rat des HERRN beruhen.