A Igreja Cristã Maranatha é dirigida, nacionalmente, por um Comitê Executivo, formado por cerca de 16 pastores que tomam as decisões na presença do Senhor. Administrativamente, a Igreja está dividida em Regiões, Áreas e Seções. Cada Região possui um Presbitério Regional, supervisionado por um Coordenador e formado por um grupo de pastores mais experientes. Cada Região é integrada por um grupo de Áreas. Cada Área é composta por um grupo de Seções. Cada Área tem um Supervisor que se reúne com os Pastores mais experientes de sua Área para tomar decisões em seu nível de atuação. Cada Seção é composta por todos os Párocos da Seção.

Em cada reunião do Comitê Executivo, Região, Área e Seção, o Senhor tem a possibilidade de se manifestar. Mais do que isso – os pastores esperam o conselho do Senhor para tomar qualquer tipo de decisão que considerem relevante. Este tem sido o segredo da prosperidade da Igreja. Todos os pastores são unânimes em afirmar que as melhores decisões são sempre aquelas baseadas em um conselho do Senhor.