Христианская Церковь Маранафа, ведома на национальном уровне, Исполнительным Комитетом, состоящим примерно из 16 пасторов принимающих решения в присутствии Господнем. Административно церковь разделена на Регионы, Области и Сектора. Каждый регион имеет Региональную Пресвитерию, ведомую Координатором и состоящую из группы наиболее опытных пасторов. Каждый регион состоит из областей. и Область состоит из секторов. Каждая область имеет своего Координатора, который собирается с наиболее опытными пасторами из своей области для принятия решения на их уровне. Каждый сектор состоит из всех пасторов сектора.

На каждом собрании Исполнительного Комитета, Региона, Области и Сектора, Господь имеет возможность проявлять Себя. Более того – пастора ожидают совета Господнего для принятия любого решения. Это было секретом процветания церкви. Все пастора единодушны, что лучшие решения всегда базированные на совете Господа.