L’Église Chrétienne Maranatha  est dirigée, à l’échelle nationale (Brésil),  par une Commission Exécutive Nationale, constituée de 16 pasteurs, qui prennent des décisions devant la présence du Seigneur.  Administrativement, l’Église se divise en Régions, chaque Région en Secteurs,  et chaque Secteur en Pôles. Dans chaque Région, Secteur  et Pôle il existe une Commission  dirigée pas un pasteur coordinateur  ou superviseur, qui exécute les décisions de la Commission Exécutive Nationale et qui prend des décisions dans son rayon de compétences.                        

Dans toutes les réunions du niveau de la Commission Exécutive, Région, Secteur et Pôle, le Seigneur a la possibilité de se manifester. Beaucoup plus, les pasteurs attendent le conseil du Seigneur pour prendre toutes les décisions considérées importante.  Cela constitue le secret de prospérité de l’Église. Tous les pasteurs sont unanimes en affirmant que  les meilleures  décisions  sont toujours celles qui sont prises basées sur un conseil du Seigneur.